Обезбедувањето на државната граница по осамостојувањето на Република Северна Македонија ја извршуваше посебна гранична единица на Армијата на Република Северна Македонија. Со оглед на евроатлантските аспирации на нашата држава, беше потребно да се напушти дотогашниот систем на обезбедување на државната граница, односно да се примени европскиот систем на Интегрирано гранично управување. За таа цел во октомври 2003 година од страна на Владата на Република Северна Македонија беше усвоена Национална стратегија за интегрирано гранично управување.

Имплементацијата на  националната  стратегија започна на 7 мај 2004 година кога надзорот на границите меѓу граничните премини, т.н. зелена линија и сина линија на езерата и контролата на преминување на државната граница кон Република Грција го превзеде Министерството за внатрешни работи - Граничната полиција. По ова следеше етапно превземање на надлежностите и тоа:

- на 1 септември 2004 година кон Република Бугарија,

- на 20 декември 2004 година кон тогашна Србија и Црна Гора, и

- на 29 август 2005 година кон Република Албанија.

Со превземањето на надлежносите од Граничната полиција почна надградување на системот за Интегрирано гранично управување со преструктуирање на персоналните, административните и материјалните капацитет според стандардите на Европската Унија кои се однесуваат на гранични проверки и граничен надзор.

Со преструктуирањето започна сосема нов процес на обуки на целокупниот персонал, набавка на нови совремни технички ситеми и средства за спроведување на гранични проверки и граничен надзор.

За таа цел, во Центрите за обука на ЕУ се упатуваа на едукација полициски службеници од сите нивоа, се воведуваа во употреба нови опитичко - електронски средства, теренски возила, брзи чамци за надзор на езерските води и др.

Со етаблирањето на Граничната полиција на сите нивоа: стратешко, оперативно и локално, како и со вкучување на други минстерства и агенции во Интегрираниот систем на гранично управување, Република Македонија доби соверемен национален безбедносен сегмент способен да одговори на сите предизвици од граничната безбедност на Република Северна Македонија, но и безбедноста и борбата со прекуграничниот криминал со земјите во регионот и во Европската Унија.